Narcolepsie een autoimmuun ziekte? Studies bij mensen met incidentele narcolepsie hebben aangetoond dat er zich minder hypocretine-1 en hypocretine-2 in het brein bevindt en dat in de hypothalamus de cellen die hypocretine-1 bevatten helemaal zijn verdwenen (Mignot, 2004) dit wordt ondersteund met post-mortem studies die hebben uitgewezen dat narcolepsiepatiënten lagere niveau's van hypocretine hebben in het brein (Peyron ., 2000; Thannickal ., 2000). Daardoor wordt narcolepsie met cataplexie geassocieerd met een tekort aan hypocretine (Mignot, 2004). Dit tekort is bij incidentele gevallen niet veroorzaakt door een polymorfisme of mutaties in prehypocretine en hypocretine receptor genen, wanneer narcolepsie in de familie voorkomt dan zorgen polymorfisme of mutaties wel voor het tekort (Ripley ., 2001; L. Lin ., 1999). Hoe moet de positieve HLA-typering in samenhang met narcolepsie nu geduid worden? Vanwege de sterke HLA associatie en het selectief verdwijnen van hypocretine neuronen denkt men dat een autoimmuunsysteem ten grondslag ligt aan de ziekte narcolepsie (Baumann & Bassetti, 2005). Aangezien narcolepsie geassocieerd is met specifieke HLA allelen en pas bij pubertijd/volwassenheid optreedt, kan het zo zijn dat hypocretine cellen worden aangevallen/vernietigd door het autoimmuunsysteem (Mignot ., 2001) hier is echter nog geen concreet bewijs voor gevonden (Taheri & Mignot, 2002). Deze gedachte wordt echter wel ondersteund omdat vermoeidheid en een verhoogd verlangen om te slapen symptomen zijn van narcolepsie en ook tekenen zijn dat er een infectie aanwezig is (Dickstein & Moldofsky, 1999). Ook het lage aantal gevallen van beide personen met symptomen bij een monozygotische tweeling doet veronderstellen dat het een autoimmuun ziekte betreft (Carlander ., 1993; Mignot ., 1995; Erlich & Itabashi, 1986; J. D. Parkes ., 1986). Andere voorbeelden van ziekten die geassocieerd zijn met HLA zijn rheumatoid arthritis, insuline afhankelijke diabetes mellitus en multiple sclerose (Klein & Sato, 2000).